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올해 3월 법인세 신고 전에 심사받으면, 신고 즉시 반영가능하다고 합니다. 국세청이 R&D 세액공제가 적정한지 사전에 확인하면 신고 대상에서 제외되고, 심사 결과와 다르게 과세해도 가산세가 면제됩니다. 연중 상시 적용이 가능한 '사전심사제도'는 3월 법인세 신고기한 전에 통보한 결과에 따라 즉시 신고에 반영할 수 있습니다.
국세청은 30일 기업이 연구·인력개발 활동에 집중할 수 있도록 지원하기 위해 R&D 세액공제가 적정한지를 사전에 확인하는 '사전심사제도'를 운영하고 있습니다.
최근 3년간 국세청에 접수된 사전심사 신청 건수는 2020년에 1547건에서 2021년 2332건, 2022년 2439건으로 점차 늘고 있습니다.
◆ 연구·인력개발비 세액공제 사전심사 효과 : 기업 조세 절감
국세청에 따르면 '연구·인력개발비 세액공제 사전심사 제도'는 우리나라 국민이 매 과세연도 연구인력개발비로 지출하는 금액의 일정 비율을 세액공제해주는 조세지원 제도입니다.
연구·인력개발비 세액공제 대상자를 원하는 내국인의 신청에 따라 국세청이 세액공제가 적정한지를 사전에 확인하는 제도입니다.
연구·인력개발비 세액공제는 연구·인력개발 활동 여부와 공제 대상 비용 범위 등에 대해 납세자와 세무당국 간 이견이 있는 경우가 많지만 세무조사를 통해 세액공제를 잘못 신고하면 수년간 가산세를 추징할 수 있습니다.
이에 따라 국세청은 사전심사제도를 통해 조세 불확실성을 해소하고 부가세 부담을 완화하는 등 기업의 연구 및 인재육성 활동을 지원하고 있습니다.
◆ 사전심사 '혜택'
신청자가 사전심사 결과에 따라 세액공제 금액을 반영해 법인세(소득세)를 신고하면 사전심사 신청 내역은 신고 및 사후관리에서 제외됩니다. 또한 과소신고 가산세는 세무조사로 인해 심사결과와 다르게 과세되더라도 면제됩니다.
사전심사 신청은 연구·인력개발비 세액공제 대상을 원하는 국내 법인 및 거주자(개인사업자)가 신청할 수 있으며, 법인세(소득세) 신고 전 사전심사 신청이 가능합니다. 법인세(소득세) 신고 후에는 세액공제 신고누락분에 대하여 경정청구, 수정신고, 기한후신고 이전까지 사전심사를 신청할 수 있습니다.
◆ 사전심사 신청 대상
이미 연구·인력개발에 투입된 비용뿐만 아니라 예상되는 비용도 지원이 가능하며, 다양한 연구과제가 있을 경우 특정 업무에만 지원이 가능합니다.
세액공제 여부에 대한 불확실성을 조기에 해소하기 위해 2022년 7월부터 비용이 확정되지 않더라도 R&D 활동(기술심사)만 신청하도록 개선했습니다.
다만, 이미 세액공제를 신청한 사항, 보완요청사항을 보완하지 않은 사항, 정당한 사유 없이 답변 또는 자료 제출을 거부한 경우에는 심사에서 제외될 수 있습니다.
또한 제출된 서류는 연구개발비 예비심사 신청서, 연구개발보고서, 연구개발비 명세서, 그 밖에 공제 가능한 연구개발비임을 증명하는 서류를 제출하여야 합니다.
◆ 납세자들 사전 심사 신청 방법
사전심사를 희망하는 납세자는 홈택스, 우편, 방문영수증(지방청 법인세과 세무서 민원실)을 통해 신청 및 재신청이 가능합니다. 국세청 심사과정에서 서류 보완을 요청할 경우 동일한 홈택스 화면을 통해 보완서류를 제출할 수 있습니다.
서류를 받은 국세청은 사전심사를 신청한 연구개발비와 인력개발비 등에 대한 기술과 비용 측면에서 세액공제가 적정한지 심사합니다. 기술검토는 신청자가 수행한 연구개발 활동이 조세특례제한법 제2조 제1항에 해당하는지를 심사하고, 비용심사는 조세특례제한법 제10조에 따른 연구개발비 지출액이 공제 대상인지를 심사합니다.
◆ 국세청 심사 절차
기술검토는 본청 공익중소기업지원팀이, 비용검토는 각 지방세무서 법인세과가, 중견기업 및 일반기업은 본청 공익중소기업지원팀이 담당합니다.
신청자의 편의를 위해 비대면 심사를 원칙으로 하며, 국세청 심사는 서류 확인(보완요청), 서면 검토(기술 및 비용 검토), 현장 확인(필요한 경우), 검토 보고서 작성, 결과 통보 순으로 진행됩니다.
제출된 서류로 사실관계가 정확하게 확인되지 않을 경우 보완을 요청하거나 현장 확인을 할 수 있습니다. 심사자는 이 과정에서 사전심사의 주요 심사항목과 향후 과정을 신청자에게 충분히 설명하고, 연구비 및 인적자원개발비 세액공제에 대한 세무컨설팅을 제공합니다. 국세청의 심사결과에 이의가 있는 경우에는 1회에 한하여 재심사를 청구할 수 있습니다.
◆ 사전 검사 개선점
국세청은 기존에 우편·방문신청서에만 가능했던 보완서류를 홈택스에서도 제출가능하게 개선하고, 사전심사 진행상황을 확인할 수 있는 전산조회 화면을 개발하는 등 편의성을 한층 강화했습니다.
신청자가 심사 과정에서 언제든지 추가로 연구활동 증빙자료를 제출할 수 있도록 홈택스 제도를 개선했습니다. 또한, 그 동안 사전심사 담당자와 진행상황을 파악할 수 없다는 신청인애로사항을 반영하여, 홈택스에 5단계로 세분화된 진행상황 조회화면을 개발했다.
홈택스 신청 화면에서 제공하는 간이계산기를 통해 연구활동을 하는 기업은 관련 지출에 대한 연구·인력개발 세액공제 금액을 쉽게 산정할 수 있으며, 자체적으로 징수할 수 있는 연구소 인정서 등은 제출서류에서 제외됩니다.
국세청은 신청인이 안심하고 증거서류를 제출할 수 있도록 심사관에게 열람권을 제한하는 등 보안을 강화해 제출된 자료를 철저히 관리할 방침입니다.
◆ 사전 검사와 관련된 향후 계획
국세청은 "연구 및 인적자원개발 세액공제의 불확실성을 해소하고 기업의 성실한 신고를 지원하기 위해 실질적으로 제도를 운영하겠다"고 밝혔습니다. 이를 위해 본청 각 분야 기술감사관이 일관되고 전문적인 심사서비스를 제공할 예정입니다.
또한 "더 많은 기업이 사전심사제도를 연구개발비와 인력개발비로 활용할 수 있도록 사전심사 가이드라인과 신청안내 전단을 배포하는 등 적극적인 홍보활동을 펼치겠다"고 밝혔습니다.